Девочка Элли из Канзаса и её верный пёсик Тотошка попадают в Волшебную страну. Ураган, вызванный злой волшебницей Гингемой, перенёс домик-фургон с Элли и Тотошкой через непроходимые пустыню и горы. Добрая волшебница Виллина направила фургон так, что он приземлился прямо на голову Гингемы и раздавил её. Виллина сообщает Элли, что вернуть её в Канзас может великий волшебник Гудвин, который живёт в Изумрудном Городе. Чтобы вернуться домой, Элли должна помочь трём существам в исполнении их заветных желаний. В сопровождении чудесным образом заговорившего Тотошки девочка отправляется по дороге из жёлтого кирпича в Изумрудный город. По дороге Элли встречает ожившее пугало Страшилу, чьё заветное желание — получить мозги, Железного Дровосека, мечтающего вернуть утраченное сердце, и Трусливого Льва, которому недостаёт смелости, чтобы стать настоящим царём зверей. Все вместе они отправляются в Изумрудный город к волшебнику Гудвину, Великому и Ужасному, чтобы попросить его исполнить их заветные желания. Пережив много приключений (нападение Людоеда, встреча с Саблезубыми Тиграми, переправа через реку, переход через маковое поле) и подружившись при этом, они добираются до Изумрудного города. Однако Гудвин согласен выполнить их желания при одном условии — они должны освободить Фиолетовую страну от власти злой волшебницы Бастинды. Элли и её друзья считают такое предприятие безнадёжным, но всё-таки решают попробовать.
Сначала им сопутствует удача: они отражают нападения посланных Бастиндой волков, ворон и пчёл, — однако Летучие Обезьяны, вызванные Бастиндой при помощи волшебной Золотой Шапки, уничтожают Страшилу и Дровосека и берут в плен льва. Элли остаётся невредимой только потому, что её защищают волшебные серебряные башмачки, найденные Тотошкой в пещере Гингемы. Бастинда, в отличие от Элли, знает о волшебной силе башмачков и надеется хитростью отобрать их у девочки. Однажды ей это почти удалось, но Элли облила Бастинду водой из ведра, и злая волшебница растаяла. Элли с помощью освобождённых Мигунов возвращает к жизни Страшилу и Железного Дровосека, причём Мигуны просят Дровосека стать их правителем, на что он отвечает, что должен сначала получить сердце.
Возвратившись с победой, но Гудвин не спешит с исполнением их желаний. А когда они наконец добиваются аудиенции, выясняется, что Гудвин на самом деле не волшебник, а обычный человек, когда-то занесённый в Волшебную страну на воздушном шаре. Даже многочисленные изумруды, украшающие город, в большинстве своём — простое стекло, кажущееся зелёным из-за зелёных очков, которые обязаны носить все в городе (якобы для защиты глаз от ослепляющего блеска изумрудов). Однако заветные желания спутников Элли всё-таки исполняются. На самом деле Страшила, Дровосек и Лев давно уже обладали качествами, о которых мечтали, но им не хватало веры в себя. Поэтому мешочек с иголками, тряпичное сердце и жидкость, приготовленные Гудвином, помогают друзьям обрести ум, доброту и смелость. Элли тоже наконец получает возможность вернуться домой: Гудвин решает починить свой воздушный шар и вернуться на родину вместе с Элли и Тотошкой. Своим преемником он назначает Страшилу Мудрого. Однако перед самым отлётом ветер обрывает верёвку, удерживающую воздушный шар, и Гудвин улетает один.
По совету Длиннобородого Солдата Дина Гиора друзья, включая временно оставившего трон Страшилу, отправляются в новое путешествие — в далёкую Розовую страну, к доброй волшебнице Стелле. На этом пути их тоже ждут опасности, главная из которых — наводнение, застигнувшее их на острове посреди Большой реки. Найдя друг друга после наводнения и переправившись через реку, Элли и её спутники попадают в лес, в котором звери ищут защиты от огромного паукообразного чудовища. Лев убивает чудовище, и звери признают его своим царём.
Наконец Элли добирается до Розовой страны, и добрая волшебница Стелла открывает ей тайну серебряных башмачков: они могут переносить своего владельца на любое расстояние, и Элли в любой момент может вернуться в Канзас. Тут друзья прощаются, Страшила, Дровосек и Лев отправляются к народам, правителями которых они стали (туда их относят Летучие Обезьяны по приказу волшебницы Стеллы, которой Элли отдаёт Золотую Шапку), а Элли возвращается домой, к родителям.

После гибели злой волшебницы Гингемы её помощник, бывший столяр Урфин Джюс объявляет себя наследником её колдовского искусства, однако, хотя Жевуны побаиваются его, реальной власти он не получает и живёт отшельником в своем доме недалеко от пещеры Гингемы в компании Гуамоколатокинта, одного из филинов колдуньи. Однажды буря заносит на его огород семена странного растения, отличающегося невероятной жизненной силой: при попытках его вырубить оно только быстрее разрастается. Джюс останавливает нашествие сорняка, высушив измельчённые растения на противнях. Получившийся порошок оказывается живительным — Джюс обнаруживает это случайно, просыпав порошок на медвежью шкуру. Исследовав свойства порошка, Урфин Джюс решает создать собственную армию из деревянных солдат и захватить власть в Голубой стране. Хотя «дуболомы» не блещут интеллектом, покорение робких Жевунов проходит почти без проблем. Узнав об отлёте Гудвина, Великого и Ужасного, Урфин предпринимает поход на Изумрудный город. Защитники города отражают все атаки, но предатель Руф Билан открывает Джюсу городские ворота, чем и заслуживает должность главного государственного распорядителя. Страшила и направлявшийся к нему на помощь Железный Дровосек попадают в плен к узурпатору, и если через шесть месяцев они не согласятся пойти на службу к Урфину Джюсу, их ждёт смерть.
Страшила и Дровосек посылают ворону Кагги-Карр в Канзас к Элли с письмом о помощи. Когда ворона находит Элли в Большом мире, на ферме Смитов как раз гостит моряк Чарли Блек, дядя Элли. Узнав, что Страшила и Дровосек в беде, Элли и Чарли Блек отправляются в поход и, преодолев множество преград, достигают Волшебной страны. Вызвав на помощь Смелого Льва и освободив Жевунов от власти Кабра Гвина, наместника Джюса, друзья пробираются к Изумрудному городу по заброшенному подземному ходу и освобождают Страшилу и Дровосека, а также Дина Гиора и Фараманта, верных защитников города. Затем все вместе они отправляются в Фиолетовую страну, искусные мастера которой могут изготовить нужное для предстоящей борьбы с Джюсом оружие. Разбив в бою охраняющий наместника Энкина Фледа взвод дуболомов и освободив Мигунов, законные правители начинают готовиться к решающему сражению. Тем временем жители Зелёной страны готовят восстание против власти Урфина Джюса. Деревянное войско Джюса, выступившее в поход на Фиолетовую страну, оказывается между двумя враждебными армиями, а финальную точку в не успевшем начаться сражении ставит созданная Чарли Блеком и Мигунами пушка, стреляющая горящим мусором, — её единственный выстрел повергает боящихся огня дуболомов в панику.
После свержения Джюса главный предатель Руф Билан скрывается от преследования в Пещере. Самого Урфина Джюса судят, но Чарли и Элли предлагают в качестве наказания «просто оставить его наедине с самим собой», и он уходит из города куда глаза глядят. Дуболомам вырезают вместо свирепых рож улыбающиеся лица, и они становятся добрыми трудолюбивыми работниками. А Элли, Чарли Блек и Тотошка возвращаются на родину.